Právě on měl být nejen obžalovaným, ale také klíčovým svědkem v kauze údajně podvodných severočeských konkurzů, zvané též kauza Berka.

Ústecký soudce Jiří Berka a dalších 8 osob je obžalováno, že přivedli řadu firem záměrně do konkurzu, aby mohly být vytunelovány, a z dalších trestných činů. Thonat ale vznesl u soudu na přelomu října a listopadu těžké obvinění, že jeho klíčové výpovědi byly zrežírované na pražském vrchním státním zastupitelství. Předseda senátu táborského krajského soudu Jiří Bernát potvrdil, že Thonat skutečně toto pronesl a jeho výpověď je zaznamenána.

Thonat překvapil prohlášením, že byl využit pro nastartování čistky v NBÚ přes obvinění lovosického podnikatele a prorektora soukromé Vysoké školy Karla Engliše, Vladislava Větrovce. „Vše, co jsem řekl o Větrovcovi, mi bylo podsunuto ze strany státního zástupce Dolejšího. Jeho zájmem bylo, aby byly provedeny personální změny na Národním bezpečnostním úřadu (NBÚ). V březnu 2005 se mnou mluvil tak, že osoba tehdejšího ředitele NBÚ je zcela neúnosná. Bylo by dobré, aby se mluvilo o tom, že NBÚ chystá proti VSZ diskreditační kampaň. Měl jsem uvádět údaje, které jsem při schůzkách získal, měl jsem hovořit obšírně i o věcech, které se zahájením trestního stíhání nesouvisí, aby byl prostor pro další šetření,“ uvedl Thonat.

U soudu Thonat naznačil, že byl ovlivňován vyšetřovateli již letos v únoru. Ale až teď obvinil vrchní státní zastupitelství ze záměrného komplotu. „Výslechy v březnu 2005 a v průběhu roku 2005 byly předem připravené. Předcházely jim schůzky a neformální setkání na státním zastupitelství i jiných místech. K žádnému z výslechů jsem nebyl nikdy předvolán. Ke všem mne vozili bývalí policisté Hruška a Žákovec,“ uvedl Thonat.

Dále uvedl, že mnohé údaje, o nichž hovořil, získal od policistů z týmu Jidáš a z Vrchního státního zastupitelství v Praze. Doslova uvedl: „Základní obsah mých výpovědí státní zástupci předem znali.“

V době, kdy kritizoval Thonat vyšetřovatele a státní zástupce, byl pod policejní ochranou. Proto nemohl být ovlivňován někým z obžalovaných. Naopak, uvedl u soudu, že byl ovlivňován policejními vyšetřovateli i v průběhu procesu.

O hodnověrnosti Thonatových výpovědí vznesl pochybnosti Deník již v roce 2005. „Thonatovy výpovědi mohou být nakonec neprůkazné a nedůvěryhodné a tudíž pro policii bezcenné,“ upozorňoval Deník v dubnu 2005. A psali jsme o rozporech v některých jeho výpovědích ještě během policejního vyšetřování.